第二代SV650經過全新設計，集中火力應付現實生活中各式各樣的駕駛需要。當年價錢沒有多大的變動，但新車有全新骨骼、全新外型和全新供油系統。
03年SV650開始棄用化油器，改配燃油噴注系統，并配置位式油門雙活閥系統來提升油門的線性反應。當騎士扭動油門時會啟動主活瓣，而有16bit運算速度的ECM電控模組則會視乎當時引擎轉數，油門開啟角度和入風量等因素來調整副活瓣的開啟角度、供油量和點火時間，以求營造出最佳燃燒和線性輸出。
除此之外，全新SV650也有自動怠轉調整系統，ECM能感應水箱水溫度而決定副活閥的開啟角度調整入風量，在冷車啟動時倍感方便。在控制廢氣質素方面，新SV配置了「脈沖式輔助鮮風注入系統」PAIR system。在有需要時，ECM會從風盒中抽調鮮風往死氣閥，以助廢氣徹底燃燒，減低有害物質排出。
引擎在細節間作出微調。在燃燒效率、活塞運動、凸輪形狀和軸位關節等都作出改良，以求增強動力輸出的平滑感。 因為供油系統更精密，動力輸出更奔放的關係，水冷系統也追加了風油冷散熱柵。
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